Varhanní koncerty "U Křižovníků" jsou koncipovány jako hodinové ucelené programy, kde vedle skladeb světoznámých mistrů období baroka a klasicismu zaznívá pravidelně i hudba českých autorů. Posluchačsky přístupná, avšak umělecky hodnotná dramaturgie střídá již tak bohatý zvuk varhan a kombinace jejich spojení se sólovými nástroji či zpěvu, takže posluchač je neustále překvapován novými barvami a zvukovými variacemi. Na koncertech účinkují zpravidla tři umělci, - sólisté našich předních operních scén a orchestrálních těles, pedagogové Akademie múzických umění i Pražské konzervatoře.
Již tradičním překvapením pro naše posluchače jsou i uvítací fanfáry v podání dvou trubačů ve stylizovaných kostýmech, hrané na "heroldské trompety" po dobu 30ti minut před začátkem každého koncertu na vstupním schodišti před kostelem sv. Františka.
V kostele sv. Františka se nacházejí unikátní barokní varhany z roku 1702 , které jsou druhým nejstarším nástrojem v Praze. Na tento proslulý, dnes citlivě opravený nástroj, zde hrála řada osobností, vedle jiných i W. A. Mozart, A. Dvořák, J. F. N. Seger a další.
Hudebníci vystupují spolu s varhanami na varhanním kůru, který je zde umístěn nezvykle vpravo vedle hlavního oltáře, čímž vznikají jednak netradiční vizuální zážitky, ale hlavně, ve spojení s křížovým řešením půdorysu hlavní lodi, nezvyklé akustické efekty.
Celý prostor chrámu, výzdoba, mobiliář, i zvuk varhan je výjimečně uceleným živým obrazem barokní doby. Spojení skvělé hudby spolu s uměním dávných stavitelů nabízí našim posluchačům hodnotný kulturní zážitek.